Genetik olarak bir superman gibi geliþtirilmiþ olan Khan megalomanyak ve tehlikeli bir suçlu olduðundan yýllar önce ýssýz Ceti Alpha 5 gezegenine sürülmüþtür. Oðlunun ölümü ve kendi bahtsýz kaderinden ötürü Kaptan Kirk’ü suçlamakta ve intikam hisleriyle yanýp tutuþmaktadýr.Komutan Chekov yanlýþlýkla Khan’ýn olduðu yere ýþýnlanýnca, bu tehlikeli düþman sonunda aradýðý fýrsatý bulur. Kurbanlarýnýn beynini kontrol etmeye yarayan parazimsi bir yaratýðý kullanan Khan Yýldýzgemisi Reliant’ý ele geçirmeyi baþarýr. Gemiyi ve bir araþtýrma projesinden yaðmaladýðý ekipmaný kullanarak Kirk’ü yoketmeyi planlamaktadýr. ‘Genesis Effect’ isimli projenin asýl amacý sýfýrdan bir gezegende canlý yaþamýný baþlatmaktýr. Ancak ekipmanýn yeni dünyalar yaratmaya vakýf olan kudreti, ayný zamanda varolanlarý yoketmeye de imkan tanýmaktadýr.Kirk ve ekibi bir kez daha tüm güçleri ve cesaretleriyle arkadaþlarýný kurtarmak ve Khan’ý sonsuza dek susturmak zorundadýrlar.